En la época romana recibió la denominación de Fraximun, según explica Pascual Madoz. Durante la Reconquista, la rebelión de los moriscos y su posterior expulsión se vio muy dañada. Existe constancia de cuevas habitadas en época musulmana, con una sola planta, o de época cristiana con varios pisos.
A pesar de que estamos en una de las comarcas más ricas desde el punto de vista arqueológico de Europa, el primer poblamiento cierto que atestiguamos en el municipio de Freila es de época Ibérica. En la prospección arqueológica superficial, campaña de 1.987, realizada con motivo de la construcción del embalse del Negratín se encontraron una serie de yacimientos con materiales ibéricos de los cuales uno de ellos se correspondía con una necrópolis en la que los componentes del “Grupo de Investigación Poblamiento y Territorio durante la Época Romana” de la Universidad de Granada, pudieron localizar con certeza una urna de incineración a pesar del fuerte expolio al que había sido sometido este yacimiento.
Este grupo de investigación confirma que en toda la Hoya de Baza el único yacimiento ibérico claro es el de “Basti”, que actuaría como punto central de la región con el que los otros asentamientos menores guardarían una cierta relación de dependencia, llegando esto a interpretarse por algunos autores como la evidencia de una ordenación estatal en el mundo ibérico. Ya en la fase final de este periodo cultural, aparecen una serie de características bastante peculiares como la dislocación de las estructuras gentilicias y el desarrollo de oligarquías apoyadas en nuevas formas de organización sociopolítica, todas ellas fundamentadas en un núcleo de carácter urbano que hacen posible su pronta asimilación al modelo romano.
El núcleo de Játar se encuentra enmarcado en la falda de la Sierra de Játar, considerada como auténtico pulmón vegetal de la zona. El municipio ha sido habitado desde tiempos prehistóricos, de ahí que existan todavía restos de asentamientos neolíticos que datan de unos 2000 años antes de Cristo.
El terremoto de 1884 no afectó de forma significatia a nuestro municipio, pero aún así hubo que reconstruir un barrio entero, que al estar sufragado por la Prensa Asociada de Barcelona, pasó a llamarse barrio de Cataluña.
Antiguamente el municipio de Játar se llamaba Játor, que provenía de jatería, el cual era una cortijada, repleta de chozas, pues sus habitantes eran pastores y ganaderos que tenían su ganado en el corral de Caliche, el corral nuevo, el corral de José, el corral de los cortadores y el Linarejo, todos al pie de la sierra del mismo nombre.
Por estas tierras en tiempos antiguos existían muchos lobos, por lo que los pastores no podían descuidar el ganado. Vivían en la sierra prácticamente todo el año, cuidando el ganado y sólo bajaban a su casa cada quince días.
La comida se la llevaban los zagales, jóvenes muchachos que les ayudaban con el ganado y bajaban por las noches al pueblo, a recoger el puchero, el pan y poco más de comida, alguna que otra manta, ropa y unos alpargates.
En otros tiempos, lo que hoy conocemos como el merendero, el camino del Nacimiento gordo y las casas nuevas, era un chaparral, de ahí el nombre de esta zona.
Los zagales caminaban entre chaparros y quejigos desde el pueblo hasta que llegaban al corral de su dueño donde se encontraba el pastor, al pie de la Sierra y donde hoy está el polígono ganadero.
En la provincia de Granada había otro pueblo llamado Yator y las cartas del correo se cruzaban muchas veces con las de nuestro pueblo, Játor, confundidas por su parecido nombre.
Los pastores, que eran los únicos que recibían correspondencia debido a sus negocios, cansados de que las cartas se retrasaran y que en muchos casos se perdían, decidieron nombrar al municipio con el nombre de Játar, para que de esta forma acabar con los malentendidos entre los dos pueblos y que éste tuviese nombre de mujer.
Además escribieron una coplilla en honor a ellas, la cual decía así: "antiguamente eran sosas todas las aguas del mar, se metió una jatareña y se volvieron salás".